Στα 20 χρόνια λειτουργίας της Αγιορειτικής Εστίας και μέσω των δράσεων της δόθηκε σημασία σε όλους τους τομείς που αφορούν στην Αθωνική Πολιτεία. Μεταξύ αυτών το φυσικό περιβάλλον του ιερού τόπου, όπου αποτελεί παράδειγμα η αρμονική σχέση ανθρώπου και φυσικού περιβάλλοντος καθώς οι μοναχοί μέσω των αιώνων αποδείχθηκαν σπουδαίοι προστάτες του φυσικού τους χώρου και τον συνέδεσαν με την πνευματική τους υπόσταση.
Η μοναδικότητα του φυσικού περιβάλλοντος του Αγίου Όρους οφείλεται στη γεωγραφική θέση και σχετική απομόνωση της χερσονήσου, στη μεγάλη ποικιλία γεωλογικών σχηματισμών και πετρωμάτων, στο πολυσχιδές ανάγλυφο του εδάφους, στο μωσαϊκό των κλιματικών τύπων και στην έλλειψη βοσκής ζώων νομαδικής κτηνοτροφίας.
Αξίζει να αναφερθεί ότι η χλωρίδα του Αγίου Όρους απαρτίζεται από 1.453 είδη και υποείδη φυτών αριθμός που αποτελεί το ¼ περίπου των φυτών της ελληνικής χλωρίδας. Μεταξύ των φυτών του Αγίου Όρους σημαντικά είναι τα 34 σπάνια ενδημικά είδη.
